随着二氧化碳治理技术的深入应用，碳捕捉与封存技术也面临一些潜在风险。比如，生态环境风险、技术伦理风险、经济和政策风险等。
第一，生态环境风险。碳捕捉与封存技术的封存主要是地质封存和海洋封存，但在封存过程中可能会导致二氧化碳泄漏，从而破坏生态环境。首先，是关于地质封存所产生的风险。当二氧化碳被封存在地质中，由于地质层的不规律性和无法预测的地质运动或导致二氧化碳泄漏并外溢至空气表层，带来温室效应和生态污染，从而影响整个生态系统的稳定，对动植物和人类安全带来威胁。其次，是关于海洋封存所产生的风险。海洋生物的生长需要一定量的二氧化碳，但如果海洋中摄入过多的二氧化碳，不仅会侵蚀海洋生物造成它们的死亡，而且也会引起海平面上升、大气变暖等灾难性后果。
第二，技术伦理风险。碳捕捉与封存技术的发展，能够加快减排进程，有利于生态保护目标的实现。但有时，一些人会基于单一的技术维度思考能源利用等问题，而忽视了以人为本的前提与目的，或导致“本末倒置”的技术伦理风险。同时，碳捕捉与封存技术除了对二氧化碳进行治理之外，还可以将捕捉的二氧化碳资源进行利用，以此获得其他经济效益，所以也存在为了经济效益而导致技术滥用的伦理风险。
第三，经济和政策风险。由于碳捕捉与封存技术的研究需要大量成本，其应用与市场推广也要花费很大成本，一旦相关项目产生一些经济等方面的问题，则会因缺少投资而被迫停止。并且，由于碳捕捉与封存技术的使用时间尚短，相关政策法规还有不完善的地方，这样就可能使其在发展过程中存在政策风险。
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